バスがおススメです。

私は先日、ニューデリー→飛行機でバラナシ→寝台列車でアグラ→バスでニューデリーという工程で旅行しました。

投稿者の言う2を経験しましたが、列車はかなり遅延します。列車は18時出発予定が、6時間遅れの24時出発。アグラには15時前に着きました。元々朝の6時過ぎ着に対し。

ほかの旅行者も列車は遅延が当たり前と言っていたので寝台列車で早朝着は難しいかもです。

1ですが、こちらも列車の場合は遅れる可能性があるのでバスをお勧めします。私はアグラからニューデリー行きのバスに乗りました。乗車時間は3時間近くと言われてましたが、ほぼ3時間程度で着きました。
バスは現地の旅行代理店に行き、旅行代理店が所有するプライベートバスに乗りました。恐らくニューデリーからアグラに向かうバスもあると思います。
※代理店名は忘れてしまいました。
※バスはかなり縦揺れします。酔いやすい方は酔い止め必須です。

アグラにも宿泊しましたが、特に問題なく過ごせましたよ♪タージマハルから徒歩2分のところに宿泊したので、屋上からタージマハルが観れて綺麗でした。
治安は特に気になりませんでした。