知りませんでした

BKI-BWN、MNL-BKIの往復でしたので知りませんでした。BKIは国際空港で1階が到着階、2階には航空会社のオフィスとサバ州内線の出発ゲート、3階が国際線と州外線の出発階となっているようです。
"クアラルンプール乗り継ぎで国内線に乗り換えて到着した際、またコタキナバルからクアラルンプールへの出発時など、国内線なのにイミグレーションでパスポートのチェックがあり入出境のスタンプを押されます。
これはマレーシアの中でも東マレーシア（ボルネオ）のサバ州、サラワク州は自治権を持っており、西マレーシアの入国管理局とは別に州独自の入国管理を行なっているためです。
日本からクアラルンプール乗り換えで来られる場合には、クアラルンプールで一旦入国→出国手続きをして国内線に乗り換え→コタキナバル到着時に再度入国手続き、という流れになります。
出発時、国際線／国内線という区分けではなく国際線&サバ州外線／サバ州内線という区分けで出発ゲートが分かれているのもそのためです。帰国や乗り換えの際には十分ご注意ください。"