通れるのは当たり前

その回数券、土曜始発から日曜終電まで有効でしょ。多分（青春１８きっぷのルールに準じれば）
だからその間の列車はすべてOKでしょう。

＞日曜日の終電=月曜日の電車には乗れないのか

こちらも多分乗れるでしょう。日曜の終電ですから。

でもユーレイルパスのように24時で有効期間が消滅するルールだとダメですが。

駅員に終電まで乗れます？と聞いてください。