去年ですがOKでした。

バンコクに行くのに、同様のFly-Thruチケットを購入しました。

確か乗り継ぎが2時間ちょいでしたが、不謹慎ながら当時話題になっていた某国の一族が暗殺された現場を見たくて、入国しましたが問題ありませんでした。

Fly-Thruと知らず「間違って入国しちゃう」ってパターンもあるし、入国審査時に係員に航空券を見せる必要もなく(航空券の情報って審査官には分かってるのかもしれないけど)、日本人なら入国にビザも必要ないので、間違いなく入国できると思います。

企業側としては、何かあったら困るので微妙な回答しかできないんじゃないでしょうか。入国後に何かあって乗り継げなかった時など、Fly-Thruだったんだから保証しろ、とか言われたり・・？