直通バスで行きたいなら先にリスボン周辺を回り、南下がいいかも

＞ラゴスからバスでサグレスへ行って、さらにバスでサン・ヴィセンテ岬へということになります。

別にそれでもいいかと思います。
私もそうしたかと。サグレスからはタクシーだったかも知れませんが。
直行バスに乗りたければ、先にロカ岬、オビドス、ナザレなどを周遊してから南下するといいかと。
他の方もおっしゃっているようにホテルはラゴスのほうがいいかも。
余り知られていませんが、城壁に囲まれた素敵な街です。

スイスで氷河急行の前にベルニナ急行に乗ると、氷河急行がイマイチに思えます。
逆ならどちらもすばらしく思えるのに。
それと同じでサンヴィセンテ岬の前にロカ岬に行くとどちらもすばらしいでしょう。
別の旅行ならいいのですが、同じ旅で似たような風景2か所に行くときは順序を考慮したほうがいいかも知れません。