JMBナンバーを登録すると

キャセイのWEBサイトでJAL のマイレージナンバーを登録すると直ちにJALのステータスが反映されます。
だだし、マイレージに関することだけで、座席指定に関しては何ら影響しません。
あくまで購入したチケットのフェアクラスを基準として座席指定、便変更の効力が決まります。
従って、S/N/Q/Oクラスの航空券ではWEBで座席指定できず(キャセイのサイトの仕様通りです)、
公式サイトの説明にあるように、コールセンターに電話して座席指定することになります。
座席変更したいときも、いちいちセンターに電話しないといけません。
ですから、質問者さんの話はどうにも理解できないわけです。
是非、ご本人からどのように指定したのかをご指南していただきたいです。