予約購入時にしたのでは？

まずは、あEconomy SaveがS/N/Q classなので一般客は座席指定できないサブクラスです。
マルコポーロ以外でとったことがないので、あくまで推測ですが、一般から予約購入する場合には、FFPを入れるところがあり、そこにJALの会員番号を入れれば資格が反映されるのではないのでしょうか？

オンラインでできるのは予約・購入時のみなので、その後はロックされてしまう。マルコポーロの会員なら自由に変更（座席も変更可能なサブクラスなら便も）できますが、それ以外ではアクセス方法がないので。それでもJALに比べればまだましで、JALからは同盟へ関連付けすらできないのでいつも苦労します。

JMBナンバーを登録すると

キャセイのWEBサイトでJAL のマイレージナンバーを登録すると直ちにJALのステータスが反映されます。
だだし、マイレージに関することだけで、座席指定に関しては何ら影響しません。
あくまで購入したチケットのフェアクラスを基準として座席指定、便変更の効力が決まります。
従って、S/N/Q/Oクラスの航空券ではWEBで座席指定できず(キャセイのサイトの仕様通りです)、
公式サイトの説明にあるように、コールセンターに電話して座席指定することになります。
座席変更したいときも、いちいちセンターに電話しないといけません。
ですから、質問者さんの話はどうにも理解できないわけです。
是非、ご本人からどのように指定したのかをご指南していただきたいです。

電話に関して

私の７月にJALで海外から帰国した際にカウンターに問題があり、それにあたり本社に連絡して対応部署に電話をするように国際の予約センターに電話をしていますが、いま大阪の国際空港の問題があり１週間前に電話をした際のアナウンスで電話をおつなぎでないとメッセージ後に自動で切れてしまっていて、昨日は２０分待ちとアナウンスがありました。JALと同じコードシェアももっているし、台風の影響で今は電話繋がらないのだと思います。また、USAに出した航空便に持つも１週間で到着するものが８月２８日出荷したのにまだ到着しておらず、郵便局に確認したら台風の影響で遅れているとの回答でした。友達も８月末からサンフランシスコへが羽田から飛べず、ハワイ経由で翌日成田から夏休み旅行にでたので、インターネットからの座席を入れたほうがいいですよ。