“あらゆる”180日の期間内で最大90日間

> ちなみにオーストリアやポーランドはシェンゲン協定ですが滞在可能と聞いたのですがこちらは大丈夫なのでしょうか。。

　えっと。。。　大丈夫とは何がでしょう？
　オーストリアとポーランドはどちらもシェンゲン協定加盟国です。


> すみません、あと帰国後は三カ月後ではないとヨーロッパ入国はNGってことですよね？

　ヨーロッパ入国ではなくシェンゲン圏入国ですね。
　で、シェンゲン圏に入ったり出たりしているとそういう単純な話しではありません。
　「あらゆる180日の期間内で最大90日間」だからです。

　　　　http://www.mofa.go.jp/mofaj/toko/page4_000122.html

　以下の説明がわかりやすいかもしれません。
　説明週に滞在日数の加算ツールのページへのリンクもあります。

　　　　http://www.travelerscafe.jpn.org/column6.html