未加盟国は関係なし

> この中のシェンゲン協定内の国が31日滞在であれば、協定外の国モロッコ、イギリス、クロアチア、ルーマニア、ブルガリア、その他東欧も含めて2カ月弱の滞在でも大丈夫でしょうか？

　未加盟国の滞在日数は関係ないです。
　ただ、90日ギリギリの滞在はリスクがあります。万一飛行機が遅れたり欠航したりしたら。。。
　あと、未加盟国から未加盟国への移動の際の陸路通過や、未加盟国から未加盟国への空路移動で乗り継ぎ時間が長いために24時間以内の入国を行う際も1日とカウントされますので注意してください。
　そうそう。日本からマルタへ向かう際は日本からの直行は無いので乗り継ぎされると思いますが、その乗り継ぎ空港が同協定加盟国の場合でマルタ到着の前日ですと、そこも1日とカウントされます。
　なお、非加盟国から非加盟国への空路移動での乗り継ぎの際に入国しなければカウントはされません。

　ちなみにクロアチアは2013年のEU加盟を受けて、2016年内の同協定への加入＆施行が求められていたように記憶します。
　ここも要注意かと思います。