私の知る範囲では・・・

私も今月末にイタリア行きます、楽しみですね！！

半端なお返事で申し訳ありませんが、バチカン博物館についてのみ。
私もオプショナルツアーと迷いましたが、公式の予約サイトで問題なく取れました。
イタリア語も英語も小学生レベルですが・・・。
それだと€20ですので、今日あたりの相場でも2800円くらいですね。
オバQ25さんのおっしゃっているのは半日観光もついているようなので単純な比較はできませんが、安く上げるなら自分で予約がいいと思います。

公式のページ
http://mv.vatican.va/3_EN/pages/MV_Home.html
右の方の「Hours and tickets」から入って人数や該当日を入れるとメールに添付で届きます。

詳しい説明はここで見たのですが・・・（よそのページ貼っていいのかな？）ご参考に。
http://www.amoitalia.com/roma/vatican_reserve.html


ヴェネツィアのゴンドラは乗ったことはないですが、呼び込まれたことはあるので行けばその場で乗れるのでは？と思います。
ただし値段交渉や何かで消耗してしまうかな。

観光で細い運河をひとめぐりしたいならゴンドラなのでしょうが、水上バス（ヴァポレット）で大運河は乗れますので、私は細かいところは地上で歩いて巡りました。
渡し船（トラゲット）に乗ってゴンドラ的な水面に近い雰囲気を味わうこともできますよ。
トラゲットは反対岸に渡るだけですが、その分バス代くらいのお値段です。