羽田～北京乗り換え～香港　乗り継ぎの仕方を教えてください。

北京から飛ぶのは香港

すでに回答のあるとおり、北京では実質入国審査があります（乗り換え審査と
いう変なものですが）。

>出入国カードですが、最終目的地はマカオですが、
　そのタイミングで書きますか？

通常は、北京から先の都市です。客が最終的に何処に行こうか北京の当局には
関係ないことです。ですからHKGです。タイミングは、係官に提出するまで。
目の前でやると後ろの客の顰蹙をかいます。

なんか、意味が不明な点があるのですが・・・。

北京での乗り換えと澳門への入国とを分けて書いてください。
澳門フェリーのなかでも入国書に記入します。

北京空港乗り継ぎ手順

羽田でのチェックインの時、北京までと北京香港間のボーディングパスが発行され、香港へのタグが託送荷物に付けられます。これで、託送荷物は北京スルーとなり、香港で受け取ります。

北京での乗り継ぎ手順は、次の通りです。
１ 到着ボーディングブリッジを出て、エスカレーターで３階に上がり、国際線出口へと歩きます。この第３ターミナル（T3）は世界一の広さなので、着く場所によっては10分以上歩きます。
２ 検疫（出入境健康申告カード提出）
３ 乗り継ぎ専用カウンターで手続確認（香港までのボーディングパスの確認。もしそれが発行されていないなら、ここでチェックイン）。場所は、入国審査場（イミグレーション）が中央にずらっと並んでいますが、その手前両脇、壁側です。
以上、３階（T3ターミナル）
４ ２階に専用エスカレーターで移動
５ 安全検査（ボーディングパス・旅券提示 もし免税店で液体類を購入の場合、この領収証を示さないと、没収）
６ 搭乗待合室へ（日本では搭乗ゲートは不明ですから、ターミナル案内版と搭乗案内（小型液晶モニター）もしくは案内所で搭乗ゲートの場所の確認を。T3は世界一の広さですから、間違った方向に行くと、時間的にも距離的にも大変なロスをしますから。（中国国際航空の最低乗り継ぎ時間は１時間ですが、２時間の余裕はほしいものです）
以上の案内図に関しては、同じスターアライアンスの全日空のサイトから、
http://www.ana.co.jp/int/airinfo/guide/bjs/airport.html
の乗り継ぎのところをご覧下さい。但し、乗り継ぎ専用カウンターの位置が現在では変わっており、「国際線入出国手続き」の所です。

ようするに、香港は中国の特別行政区なので、国際線扱いで、入国審査も香港で行います。