マチュピチュ、ナスカの地上絵回り方

リマ

まずリマから鉄道はマチュピチュ方面にはありません。
なので、リマからクスコまで飛行機を利用するか、リマからバスでクスコを目指すことになると思います。

オススメルートとしては飛行機を使いますが
リマから飛行機でクスコへ行き、マチュピチュヘ。
その後、バスで下りながらナスカへ行き地上絵を見てバスでリマへ戻る。
もしくはこの逆のルートがいいのではないかと思います。

リマ～クスコへの直行バスは今後の永い旅行を考えると、疲れもたまるので、あまりオススメはできません。

>鉄道またはバスで回る場合、リマにinしてからoutするまで何日ぐらい日数をとっておけばよろしいでしょうか
についてですが、マチュピチュとナスカのみなら、交通にトラブルやイレギュラーが発生しなかった場合で考えると、7日間もあれば充分だと感じます。
駆け足で周ればもっと短期間でも行けそうです。
何もトラブルが無ければですが。