Re: プラハ、ウィーンへの関空からの旅程について

経験豊富な訳ではないのですが(笑)。
どこかのアライアンスのマイレージを貯めて(または貯めようとして)いらっしゃるかどうかで、お薦めが変わってくると思います。

スターアライアンスなら
ANAまたはルフトハンザ(関空往復)+　オーストリア航空(ウィーン～プラハ間)の組み合わせでカバーできますし、

スカイチームなら
エールフランスまたはKLM(関空往復)+　チェコ航空(ウィーン～プラハ間)の組み合わせでカバーできます。

>パリ乗り継ぎだと午後10時ごろの到着になってしまうようなので

旅行時期が不明なので何とも言えませんが、10月以前であれば上記の組み合わせでいろいろとシミュレーションなさると、
おっしゃっている22:00頃よりももっと早く目的地に到着できる便もあります。

>帰りにプラハから直接乗り継いで帰るか、一旦ウィーンに一泊して戻るのとどちらがお勧めか

同様に、帰りも上記の組み合わせでいろいろとシミュレーションなさると、
同日にプラハから乗り継いで関空へ帰れる手段があります。

参考までに私がプラハを訪れたときは、飛行機の時間で
成田(エールフランス)→パリ(チェコ航空)→プラハ(KLM)→アムステルダム(KLM)→成田
という形を選び、すべてマイルはエールフランスに100%加算されました。

1)ウィーン～プラハ間の移動を飛行機にするのかどうか
2)マイルにこだわるのならどこのアライアンスなのか
　それとも時間または料金優先なのか
3)旅行時期が10月以前なのか11月以降なのか

を明確にすると詳しい方からより的確なアドバイスがもらえると思います。