日程的には問題ないのでは

ルートも無駄がないように思います。
帰りはサンパウロからの方が、チケット安いのでは。リオデジャネイロまで出るのも悪くないとは思いますが。
アスンシオン以外はあなたの予定地は訪れたことがあります。
日程の余裕もあるので、寄り道したり、途中、ゆっくりしたりできるのでは。
例えば、ワカチナの手前でパラカスに寄って、貧乏人のガラパゴスと言われているボートツアーや砂漠のツアーに参加する。
チチカカ湖はボリビアのコパカバーナに滞在し、太陽の島に出かける。プーノよりコパカバーナの方が雰囲気はいいと思います。
アタカマも砂漠の向こうに高い山が見え、独特の景色ですよ。物価は高いですが。
サルタ付近も面白いですよ。プルママルカならツアーでなくても行けますよ。ここに泊まって、観光客の去った夕暮れの街を散策するのも悪くないと思います。ツアーだとサルタからプルママルカ、ウマワカと周るので、スケジュール的にはハードかなと。カファジャテは街だけ見てもつまらないので、ツアーの方がいいと思います。サルタではトレンアラヌベスが良かったです。安いツアーではないですが、サルタから列車の駅までの景色が良かったです。列車ではなく、同じルートをバスで周遊するツアーもあります。