旅行ルートは、一筆書きが大原則、基本です。

ですから、キトin、ラパスoutにするのがきれいです。
いっそのこと、帰国都市をチリのサンチャゴにしてもいい。

リマinoutにしたために、ルートが汚くなってます。
キトに入って、サンチアゴへ抜ければ、なかなかのもので、旅行としてもすっきりしてます。

南米は快適なバスが走ってますから、２０時間以上バスに乗り続けても、全く問題はありません。
僕は世界一周旅行の途中で、南米をぐるっと回りました（ほとんどバスで）。

コスタリカの首都サンホセから、キトに入って、
アマゾン上流地帯へ入り、ボートでジャングルの川（ナポ川）をさかのぼったりしましたが、
ずっとエクアドル、ペルーから、ボリビア、チリと旅をしていきました。

その経験から言っても、３日でバスで通過することはできます。
ただルート的に汚い。

もっとすっきりしたルートにすべきです。
そこを考えるのは、質問者に任せましょう。

みどりのくつした