すでに他の方が書かれているので、アドバイスがダブルかもしれませんが

＞現在は、プレアヴィヒア、コーケーを一日、ベンメリアとロリュオスを一日、あとは3日間アンコールワットと周辺遺跡(第三回郎と日入を特に重視)で回ろうかなと思っています。

ロリュオス遺跡群もアンコールワットの入場券が必要です。
今の予定だとアンコールワットの入場券が4日分必要になります。
・3日券（7日有効）　40ドル
・7日券（1か月有効）　60ドル
入場券代を気になさらないなら問題ありませんけど
もし7日券（1か月有効）60ドルを購入するつもりなら入場券が余るので、初日到着した日に（天気が良ければ）夕日鑑賞に行かれるのもいいと思いますよ。



＞・アンコールワットとその周辺遺跡は、tuktukをチャーターして回ろうと思っているのですが、周り方やtuktukのチャーターする場所についてアドバイスいただきたく思います

他の方もリンクを張られて書かれていますが、
http://angkor.main.jp/takeo/index.html
http://angkor.main.jp/takeo/pages/02pricelist/07pricelist_2010.htm
こちらで頼めば安心したドライバーをかなり安くチャーターできます。
料金表は少し古いようで今でも同じ料金のものがほとんどですが、一部1割程度値上げされているものもあるようです。
逆に値段が安くなっているものもあるようです
希望されるコースが値上げされていたとしても、それでも他で頼むより安いのでお得です。
ドライバーも安心できるドライバーです。
ただ乗り物だけの予約はメールではできないので、現地に到着して予約することになります。
今の時期はシーズンオフでドライバーが暇にしている時期なので乗り物の手配は問題なくできると思いますよ。

回り方としては、（リンク先のコースで説明）

到着日（何時到着か不明ですが）夕日鑑賞
・2日目
　　1日チャーター (1 day)Aコース （基本コース）+朝日鑑賞追加
・3日目
　　コーケー遺跡 プレアビヒア遺跡
・4日目
　　1日チャーター(1 day)B＋Dコース（2日目に天気が悪くて朝日が見れなければこの日も追加で行く）
・5日目
　　ベンメリア遺跡・ロリュオス遺跡群（時間が余るのでアンコールワットなど一度行った遺跡でよかった遺跡）
・6日目（残り半日かな？）
　　再度アンコールワットや周辺の近場の遺跡

3日目・4日目・5日目は順番を変えてもOK


＞・服装は短パンにレギンスは許容されるでしょうか。

第3回廊については少し問題があるかもしれませんが、ほかの遺跡についてはほぼ問題ありません。
第3回廊の入場が心配の場合は、その時だけレギンスの上にはけるスカートを持っていくのでもOK


＞・食事に大変興味がありますが、帰国後外せない用事があり、またおなかが弱いので食事場所を考えるのに難渋しています。

今の時期は雨季の真っただ中です。
衛生面の問題のある屋台は避けるほうがいいです。
屋台は乾季の時期でも少し問題ありますが（ほとんど問題なく食事をしている人が多い）、雨季は乾季と違って食材の管理がかなり心配の屋台が多いです。


＞オススメの場所等ございましたらお教えください。

地球の歩き方に乗っている店なら（屋台を除いて）ほぼ問題ないと思いますよ。
今回リンクを張ったタケオゲストハウスのレストランも美味しいですよ。