ベルリンに２泊して、ローテンブルク、ハイデルベルク観光も可能です

うら若き女性が夜の一人歩きはなるべく避けたほうがいいですから、当然の心配だと思います。
ただ、ドイツは欧州でも最も治安のいい国のひとつで、駅前のホテルなら大丈夫かも知れません。

私はなるべくトピ主さんの希望訪問地を尊重しながら、一部修正するような形にしています。

ローテンブルク泊もヴュルツブルクから+１時間程度なので終列車または１本前利用なら、ベルリンの２博物館を堪能してからでも可能とは思いましたが、深夜になるのでヴュルツブルク泊に微調整。すると宿泊地が少しずつずれてミュンヘン、フランクかリューデスハイム(後者がベター)となったしだいです。

多くのアドヴァイスがあり、どれも可能なので迷うのは当然ですよね。
迷ったときはSPIEL'ENさんの意見がいいかも知れません。

海外旅行を数多くしてるのにドイツしか旅しない、ミスタードイツです。学生時代に今は２４カ国の列車乗り放題の２ヶ月のユーレイル・グローバルパスでドイツのみを２ヶ月も旅したという。ドイツカテではレジエンドともいえる回答者です。

私は逆に世界中の国のほとんどを旅し、旅行した日数ではおそらく掲示板一だと思いますが、この旅行法は目から鱗でした。でもドイツの列車代は高いので１日当たりの運賃は安く、これで夜行を多用して宿代を浮かしたそうですから、革命的なドイツ旅行法です。

私も学生時代にグローバルパスで夜行を多用してヨーロッパ一周をしましたから、方法は同じですが、これは当時だれでもしている方法でした。ドイツ内だけというのはあとにも先(これはわかりませんが)、彼ひとりかも。
そのため、ドイツの旅行知識は並大抵ではありません。よって、「迷ったらSPIEL'ENさん」ということでもいいかも知れません。

私はドイツが初めての方には日本では京都、奈良、富士山に相当するライン川、ハイデルベルク、ロマンチック街道(ローテンブルクだけでも可)を必ず薦めています。計３日半か４日で可能ですから、１週間の旅でもあとはお好みでベルリンやミュンヘン、ドレスデンなどを加えるようにと。

もし、ハイデルベルクに行かれたことがなかったら、最後のベルリンということは最後のドイツ(３０代では疑問ですが)と同じですから、ローテンブルクに一度行ったことがあるなら、ハイデルベルクに変える選択肢も。
ミスタードイツも一番のオススメ地らしいので。

この場合だとベルリンに２泊し、朝早く出れば次の日にシュトットガルト観光し、ハイデルベルク泊も可能でしょう。

私があなただったら、私は欲張りなのでベルリン２泊でも朝一番の列車でローテンブルクに行き、昼過ぎ着で午後遅くか夕方まで観光、ミュンヘン駅前ホテル泊(大都市では欧州指折りに治安がいいので)、朝一番の列車でシュトトガルトへ。午前観光。午後ハイデルベルク観光、泊。翌日は朝の列車でリューデスハイム(１１時１５分)かビンゲン発のライン下り、午後ケルン観光、泊かフランク泊とします。

当掲示板のドイツカテの過去の皆さんの旅程を見ると、この程度の旅程は普通に見られます。
ホテルに暗くなって着くのはミュンヘンだけです。