ホームが２，３つ向こうでも3分で乗り換えできます。

しょっちゅう、3分くらいの乗り換えはしていますが、リュックならいつも余裕でセーフです。
6分なら定時着でなく、3分ほど遅れても、間に合うでしょう。

同方向にICE、IC、ECを乗り換える場合、日本でもよくあるように(例・地下鉄赤坂見付駅)たいてい反対側のホームに移るだけです。

マインツ～フランクなど、普通はSバーンで行く距離(東京～横浜程度)ですから、乗り継ぎできなかったら、多発のSバーンで行けばいいかと。