日帰りを繰り返すと移動ばかりの旅になります

確かに荷物移動がなくて楽ですが、何度も往復して日帰りを繰り返すと、移動時間が多くなります。あとで移動時間を合計すると、一筆書きで回る場合より十数時間は移動のための時間が多くなります。
海外での時間は貴重ですから、移動時間をなるべく減らしてください。

上の例でいえば、ウイーンからザルツ日帰り、プラハではなく、ウイーン、ザルツブルク、リンツ、プラハとすれば、移動時間が大幅に短縮できます。

プラハからもケルン、フランクとしたほうがいいです。

なお、ウイーンからプラハへは途中のチェスキークルムロフに1泊されるといいですよ。ザルツブルクより素敵だと思います。