ある区間は刻印が必要かどうか調べる方法があります

DB時刻表検索で任意の区間を選択し、運賃が分かりませんFares not availableと出ているものは市内交通に準じますので乗車前に刻印が必要です。
主に市内交通です。

対して、運賃が表示される区間では、刻印不要で車内検札があります。
こちらはある程度の距離；感覚的には次の宿泊地のために移動するくらいの距離、を利用する列車が当てはまります。

まれの例外もあるかもしれませんが、これでほとんど大丈夫でしょう。
わたくしも、Fares not availableなら近郊列車なんだなという確認のために利用しています。