まず「お餅屋さん」に相談してはいかがでしょう？？

にゃんにゃむさん　こんにちは
＞ツアーも考えたのですが、 どうしても高くつくので航空券を自分で手配し 現地ツアーを組もう
欧州・北米と違って　中南米は日本からのツアーは高いです
理由１　需要がないから　高い
理由２　サービス慣れしる日本人には　至れりつくせりの高級ホテルじゃないと　クレームがつくなど・・

ある程度行きたい場所が決まっているので　限られた日程をどのようにしてつなぐかが問題になりますね
中南米をエアパスを利用して回る方法もありますが、利用する航空会社によって条件が複雑です
また　地方都市を結ぶ路線も　週に数便など本数が限られていることもあります
事前に手配していきたい　というのであれば　ここはプロに相談してはいかがでしょうか？

日本の大手の旅行代理はあまりお勧めしません
理由１　中南米の観光に詳しいスタッフが少ない（現地情報に疎い）　
理由２　南米の国内線を直接手配できないケースもあり　できたとしても手数料・代行料など散財　など

お勧めは　「地球の歩き方　南米」」に広告を出してる　日本旅行社です
こんな　マイナーな会社聞いたことがない・・とか　不安であれば　
数社にメール・電話で見積もりを　おねがいしては？
理由１　「この移動の方が　安いですし　時間もかかりません」とか「この地域は・・のため　観光できません」などくわしい情報も提供してくれる
理由２　日本語でお願いでいるというのがうれしい
理由３　中南米のマイナーな路線にも詳しい　航空券・エアパス手配直接もできる（マチュピチュなどの列車などの手配もしてくれる会社もあり）

「餅は餅屋」ですから・・・

そして　にゃんにゃむさんは　ブラジルビザの手配はお済ですか？
もしお住まいが　東京領事館管轄で　直接手続きができない・・・であれば　旅行社の代理手配になります
「南米　餅屋？」の旅行社で　あれば　だいたいお願いでいます（手数料など　差があるので要確認）

もし　もっと安くしたい・・　というのであれば　

宿代でしょうかね？？
送迎完備！　至れり尽くせりのホテルであれば　　物価の安い地域でも１泊１００ドル以上しますよね・・・
また　すべての観光地をツアーで回れば　さらに散財です・・・
日本発着のツアーよりも　さらなる散財になるかと・・・・

南米ツアーって、中南米の観光ツアーは、日本の修学旅行のように　至れり尽くせりじゃないのです
ドライバー兼ガイドさんが　ワゴン車とか　4WDの車で風光明媚な観光スポットを回って
「ここが　○○遺跡　あそこで入場券を買って　○時にここに集合・」みたいに　あっさりです
15分後集合・・といっても　　参加者がほとんど「南米時間」なので　３０分後・・とかになりますね（笑）
特別に何か説明をお願いしたいのであれば　ガイドさんと仲良くなることですかね？
または　遺跡・博物館であれば　ツアーガイドさんをお願いする・・など
（ガイドさんが　バンバン観光案内をしてくれたのは　ペルーのコルカ渓谷くらいだった・・）
「私だけを　案内して！」とうのであれば　さらにプラーベーとツアーと　散財になりますが　それはそれで楽しいかも・・・


たとえば　の提案ですが
イグアス（ブラジル側の　フォスドイグアス）のように　治安が良く　観光客の対応になれている地域であれば、自分で宿を手配したり　ガイドブック片手に自分で回ることで経費を削減できます。
ホテルに送迎を・・ではなく　空港タクシーをつかうとか・・・

どうぞ　ご一考を・・・