ライアンエア

???

>9月26日のフライトを座席指定で予約しています
>2週間前にチェックインしていません
>今から座席指定なしでチェックイン

上記、三つのキーワードを矛盾なく繋げる
術がありません・・・・。

要するに意味不明です。

まず、”2週間前”までにチェックインしなければ
ならないという決まりは、1のケースではないし、
2のケースでは時期尚早です。
1の場合、折角できるのにしないのは損です。
避けるべき席等があるので、早めに確保すべきです。
ちなみに、この会社は全部同じ機材なので（Boeing 737-800）、
席は同じ。真っ先に避けるべきは、BとEでしょう。
短距離なのであまり気にしないでしょうが、トイレ近くも
避けたい席でこれは33です。11A は窓なしのようです。

Check-in opening times vary depending on your type of booking.

1.Customers who purchase seats can check-in between 30 days and up to 2 hours before their scheduled flight departure time.

2.Customers who don’t purchase seats can check-in between 7 days and up to 2 hours before their scheduled flight departure time.

3.Business Plus customers can check-in at the airport free of charge.

整合性のある解釈は、
9月26日のフライトを座席指定料金で取っていますが、
まだ座席をアサインしていません。二週間を切ったのですが
（二週間までにしないと席が流れるとかいう根拠ないネットの
書き込みでも読んだのでしょうか？）、座席指定せずに
チェックインできるのでしょうか？

です。
ケース1でしょうから、今からすぐにチェックインと座席のアサインを
しましょう。全席自由席（これって搭乗が早まるので良いと思われて
いましたが、結局ライバル会社もやめてしまった）ではないので、
チェックイン時に席は決まります。