東京（成田、羽田）発 コタキナバル着の航空券。シンガポールでのストップオーバーは可能ですか。

航空券で異なります

SQの正規航空券ならば　 stop over可能なものあります。
具体的な代理店は営業と指摘されるので控ます。
　検索すると出てきます

Multi-city itenerary

SQのオンライン予約購入の際に、
上記を選べば、途中降機が可能です。
ほとんどのエアラインの予約では、片道か単純往復、それに
複数都市ですが、途中降機もこれで可能です。

今のご時世、代理店でないとできないこともほとんどなく、
しかも、手数料ゼロ、キックバック廃止で、灰色航空券を売ることも
またその利点もないので、何処で買ってもほぼ同じです。精々、情報提供などの
付加価値で集客する程度の違い。

途中降機までする価値があるか否かは別にして（物価が高く、
人が多いだけで、大陸観光客依存体質になってしまい、日本人は相手に
されない）、香港もCXで途中降機は可能です。
また、フライトをうまく使えば、普通の乗り継ぎ（単純往復）で、
一泊滞在可能となります。香港なら、一泊、しかも半日なら十分なので
（あくまで個人的な事情ですのが）、余計な出費なしで滞在できます。
まあ、広東料理、飲茶なら、香港も十分価値は残っています。

SQのwebサイトから

SQのwebから直接購入出来ます。
SQのwebサイトの複数都市をクリックすればストップオーバーやオープンジョウの航空券購入可能です。
発券手数料が不要なのでSQ直がお勧めです。
予約と同時に座席も選べます。

HKG経由のCXだとHKG以外にNRT着ならTPEでもストップオーバー可能です。
CXはHND発着はNRT発着より高いです。
CXもwebサイトから購入可能なのと、電話での購入でも手数料不要ですがマルコポーロメンバー以外電話が繋がりにくいみたいです。
HKG⇔BKIはKA運行です。

15日発、23日帰着で　86870円

http://www.expedia.co.jp/airでチェックすると
エアーアジアで東京ーシンガポール、シンガポールーコタキナバルを別々に購入した方が安いのでは。
それか、東京ーシンガポール、ジョホールバルーコタキナバルでシンガポール－ジョホールバルを陸路移動。
選択肢が増えるだけで、値段はあまり安くならない。
http://www.skyscanner.jp/で

クアラルンプールの方をお勧めしますが

シンガポールは単なる大都会だという印象を私は持っていますが。小さい島が急速に発展したので歴史的なものはあまりありません。第二次世界大戦で日本がひどいことをした史跡を回りたいというのでしたら話は別ですが。クアラルンプールでも2泊ぐらいでしたら見るところはいろいろあります。シンガポールは物価が高い上にシンガポール通貨に両替する必要がありますのでかなり高くつきます。
考え方は人それぞれですのでシンガポールでストップオーバーする場合は、
シンガポール航空のWebサイトで
http://www.singaporeair.com/
「複数都市の予約」を選択し、
出発地：TYO、目的地：BKI
出発地：BKI、目的地：SIN
出発地：SIN、目的地：TYO
と入れれば、便名と料金がわかります。
他の航空会社でも同様な方法で確認できると思います。