クラクフからプラハへの寝台列車

こちらではどうですか？

こちらで予約ができるみたいです。
私は試したことがありません。
http://booking.polrail.com/

PKP Intercityでは国際列車の予約はできないようですね。
こんなメッセージが出てきます。
Uwaga! Zakup biletów przez Internet na wybrane połączenie jest możliwy wyłącznie na odcinkach krajowych. Na połączenia międzynarodowe zakup możliwy tylko w kasach biletowych. Za utrudnienia przepraszamy.

google翻訳日本語
注意！選択した接続でのオンラインチケットを購入する唯一の全国路線で可能です。国際電話は、チケットカウンターで購入することができます。ご不便のための謝罪。
google翻訳英語
Note! Purchase tickets online at the selected connection is possible only on national routes. International calls can only purchase at ticket counters. Apologies for any inconvenience.

google翻訳で日本語に訳すと意味不明ですが、英語ではだいたいの意味がわかります。