マチュピチュ予約とペルー国内の陸路移動について

はじめまして。
南米行きを予定しているのですが、旅程を決めかねており、出発も迫り焦ってきたので経験者の方ぜひアドバイスをお願いします！
女一人で、行きたい場所は、パラカス（バジェスタ島）、ナスカ、クスコ、マチュピチュ、プーノ（チチカカ湖）、ウユニです。
今準備できているのは成田・リマ往復の航空券のみで、9/22深夜にリマ着、10/9深夜にリマ発で、現地17日間の日程となります。


質問1　クスコとマチュピチュ訪問について。
マチュピチュ行きの列車とバスチケット、遺跡入場券は、出発前に手配しておくべきでしょうか。予約した方がいいとよく見かけますが、時期的にはピークを過ぎた頃かと思います。同じ時期に行かれた方いらっしゃいますか？

『歩き方'10～'11』の136頁欄外に出ているような、クスコの旅行会社催行のマチュピチュツアー（ピサック市とオリャンタイ遺跡を見学してからマチュピチュに向かうもの）に参加したいと考えているのですが、この場合、列車チケットを個別に購入していたら無駄になってしまうのか・・・・でも逆に、列車が満席だとツアーが催行されない？？

聖なる谷巡りのツアーも魅力的ですが、これにまる一日費やさなくても、ピサック市とオリャンタイ遺跡がセットになったマチュピチュツアーがあるならそちらで十分かな、と思っています。

また聖なる谷巡りのツアーに参加する場合、朝7時頃にクスコに着きその日のツアーに参加できれば理想的なのですが、これは可能でしょうか？リマから最初にクスコに飛んだ場合、クスコ入りが木曜日になります。せっかく行くなら、ピサックの市が出る日を狙いたいです。

でもクスコ到着の木曜日は申込みなど手配をして、金・土でマチュピチュ訪問し、聖なる谷ツアーには日曜日に参加するのが現実的でしょうか。。。
旅行会社は、ツアー開始の時間は早くても、運転手？が出てくるだけで、オフィス自体はその時間には開かないのでしょうか。


質問2　太平洋岸北上ルートの陸路移動について。
複数のバス会社を調べましたが、プーノ→アレキパ→ナスカ→パラカス→リマという北上ルートのバスがうまい時間で見つけられません（各地でのイベントをこなしたあとの出発だと、夜着とか。宿探しが不安です）。
逆（南下）は問題なさそうなのですが。。。（調べ方が悪いのかもしれません。）

バスがない時間帯は、皆さんコレクティーボで移動されるのでしょうか？
北上ルートで旅された方はいらっしゃいますか？

リマから南下して左回りで旅を始めるか、最初にクスコに飛んで右回りで旅するか、そこが決まらないと、マチュピチュを予約しようにも日にちが確定しません。


以上長くなってしまいましたが、お分かりになる部分だけでも回答いただけると助かります。
どうぞよろしくお願いします。