お返事が遅くなってしまってすみません。

出発前はバタバタしており、お返事をするのが遅くなってしまいましたが、貴重なご意見本当にありがとうございました。
何とか無事に旅行を終えて帰ってきました。
もちろん博物館の方もしっかり見学してきました。

ここから先はご報告と今後の方のための参考になればと思います。

確かに色々な所に午後の方が博物館は空いていると書いてあったのですが、私達の日程上どうしても午前中に回ってしまわないと他の所に行けなくなってしまうという事情がありましたので、今回は日本の代行業者さんを通して個人予約をしてもらった上で行きました。
代行業者さんを通したので、はっきり言って値段的にはかなり高くつきました。(約6000円)

で、肝心の個人予約をした感想ですが、あまり意味はないかもしれません。(まぁ、多少はありますが…)
博物館の個人予約サイトの方にも書かれていましたが、結局個人予約の人達を団体グループとして何個かに分けて入場させる上、他のツアー団体客も同時に入場しようとするため、入場まで非常に時間がかかります。9時30の予約できっちり9時30には入れないと思ってください。10時前に入場できるかなぐらいの心積もりがいいと思います。
というのも、係員が1人1人予約の人の名前をチェックするのですが、それが異常に遅い上に、列に並ぶのではなく係員の人を取り囲むようにして四方八方からバウチャーを出し、係員がランダムにそれを取るという形式を取るため、皆われ先にとなり殺気立つ上、実際早くチェックしてもらって早いグループに入れた方が、入場が早くなるという具合になっているため、モタモタしているとあっという間に最後のグループに回され、10時近くの入場は必至という状態になるからです。
さらに、待ち合わせの階段付近は他のツアーの人たちも大勢いるため、自分の担当の係員を探すだけでも手間取ると思います。実際私達は9時過ぎぐらいに着いたのですが、結局入場できたのは10時45分か50分ごろです。
つまり入場まで約45分以上の時間を費やしたと思えば、空いている日であればかえって早い時間から並んでいた方が、早く入れるかもしれないというのが結論です。(どうしても午前中入場したければの話ですが。)実際私が行った日は金曜日でしたが、列自体は9時ごろでレオーネ4世通りくらいまでしかありませんでしたから、おそらく1時間も並ばずに入れたのではないかなぁと…。(午後も同様)
ただし混雑具合に関してはその日によりますので、一概には何とも言えません。

それからサン・ピエトロ教会のクーポラですが、8時きっかりに登ってきました。ほとんど誰もおらずじっくり見学できました。残念ながら、午後の様子は見ていないので分かりませんが、あの様子だと空いていたのではないかなぁと。

以上です。
たいした内容ではございませんが、ご参考にしていただければと思います。